Z ministrem Henrykiem Kowalczykiem Rafał Romanowski współpracuje od lat. W 2006 roku został doradcą Henryka Kowalczyka (wówczas sekretarza stanu w Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi), a także szefem jego gabinetu jako pełnomocnika rządu ds. kształtowania ustroju rolnego. 13 sierpnia 2007 roku po raz pierwszy został powołany na stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi, na którym pozostał do 16 listopada 2007 roku.
Następnie pracował w spółce prawa handlowego Stadnina Koni „Nowe Jankowice”, m.in. jako prokurent. Od 2009 był też wiceprezesem zarządu spółki z o.o. pod nazwą Grupa Hodowców Koni „Koń zimnokrwisty" oraz pełnił funkcję wiceprezesa zarządu Związku Hodowców Koni Ras Zimnokrwistych (od 2009 do 2017), po czym w 2018 został członkiem zarządu tej organizacji.
Po wygranych w 2015 roku przez Prawo i Sprawiedliwość wyborach parlamentarnych 19 listopada 2015 ponownie został wiceministrem rolnictwa w randze podsekretarza stanu najpierw w u Krzysztofa Jurgiela, potem u Jana Krzysztofa Ardanowskiego. W styczniu 2020 odszedł z resortu rolnictwa. W marcu tego samego roku został pełnomocnikiem ministra aktywów państwowych Jacka Sasina ds. rolno-spożywczych. 4 listopada 2021 roku po raz trzeci objął stanowisko wiceministra rolnictwa, tym razem w gabinecie Henryka Kowalczyka.
- Mówi się, że nie wchodzi się dwa razy do tej samej rzeki, a co dopiero trzy!!! Tylko, że ta rzeka ???? nigdy nie jest taka sama – nie ta woda, nie ten nurt. Inaczej było w 2007, inaczej w 2015, a inaczej w 2021. Nie mogłem odmówić Wicepremierowi polskiego rządu, mojego rządu, konstytucyjnemu ministrowi rolnictwa i rozwoju wsi Henrykowi Kowalczykowi. Sprawy rolnictwa, sprawy polskiej wsi cały czas były i są mi bardzo bliskie. Myślę, że przez wiele lat swojej pracy udało mi się udowodnić, że sprawy #ojczyzny są dla mnie bardzo ważne. I dlatego po raz trzeci wchodzę do tej samej rzeki i podjąłem się obowiązków podsekretarza stanu w Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi - napisał na swoim profilu na Facebooku wiceminister Rafał Romanowski.
